ども、おばきいです。

レトロフリークではパッチファイルが使えるのですが、公式の取り扱い説明書(V1.3 P28)に、
●パッチ選択 
エミュレーター用のパッチファイルを使用できます。
という記述があるだけで、具体的な使い方などは書いてありません。何故でしょうね。
まあそれは置いておいて、レトロフリークでのパッチの使い方を。
PCでmicroSDの中のフォルダ「RetroFreak」の下に「Patch」というフォルダを作成し、その中にパッチファイルを入れます。(パッチファイルの形式は*.ips。試してないけど多分*.upsもOK。)

私は、RetroN5で使ったパッチファイルがあったので、そのままフォルダごとコピー。
フォルダ名でいうと、Retron/Patch を RetroFreak/Patch にコピーしました。

あとは、レトロフリークを起動して、
1.パッチ対象のゲームを選択。
2.ゲーム設定を選択。
3.パッチ選択を選択。(Patchフォルダの中身が表示される)
4.パッチを選択。
5.既存の再開データがある場合、削除の確認が出るのでOKを選択。

あとは通常通りゲームを開始すると、パッチが適用されます。

そして、パッチが適用されると、メニューが3つ増えます。

「ヘッダー要求のあるパッチに対応」

特にスーパーファミコンでうまくパッチが適用されない場合は、もう一度ゲーム設定画面を開き、の項目を変更するとうまくいったりするかも。

「パッチ適用時はセーブデータを別に保存」
ONにすると、クイックセーブ用のデータが、パッチ適用前とパッチ適用後でそれぞれ保管されるようになります。
ファイル名でいうと、セーブデータの番号が0の場合、
適用前:ゲーム名.snap0
適用後:ゲーム名(パッチ名).snap0
のような名前で保管されます。
通常はONで良いかと思います。

「パッチの適用を削除」
一度当てたパッチはそのまま適用され続けるので、元に戻すには、メインメニューに戻り、ゲームメニューから、「パッチの適用を削除」を選択すると元に戻ります。

だいたいこんな感じです。
で、パッチの適用から削除までの一連の流れの動画です。
(バルーンファイト+BaloonFightIwata.ipsを適用しています)



今回もRetroN5と同じような感じですが、中身が似たようなもんだからしょうがないですね・・。